生物滤池通常由滤材层和微生物层组成。滤材层通常由石英砂、砾石等材料构成，其作用是过滤水中的悬浮物和颗粒物。微生物层则是生物滤池的核心部分，其中生长着大量的微生物，包括细菌、藻类、真菌等。
这些微生物通过吸附、吞噬等方式将水中的有机物质分解为无机物质，包括二氧化碳、水和无机盐等。